1939年1月国民党五届五中全会的召开标志着它政策重点由对外抗日转移到对内反共，开始推行消极抗日积极反共的反动政策。在这种背景下，1939年冬至1940年春，国民党顽固派掀起了第一次反共高潮。

1939年6月到12月间，山东的国民党顽固派先后制造了袭击、残害共产党员和抗日军民的“太河惨案”、“雪野事件”、“淄河事件”等一系列反共磨擦事件。

1939年12月，国民党胡宗南部侵占了陕甘宁边区的淳化、正宁、宁县等五个县城和边境的十六个区，中国共产党被迫自卫反击，坚决打退了来犯之敌，恢复了陇东大部地区；在山西，阎锡山则发动了十二月事变，进攻抗日决死队(山西新军)，被山西新军和八路军联手击退；1940年2月至3月间，国民党石友三、朱怀冰等部勾结日伪进攻晋东南太行地区的八路军总部，八路军一二九师与晋察冀南下部队相互配合，歼灭朱怀冰部主力两个师的大部及反共游杂武装近两万余人。

对于国民党顽固派发起的第一次反共高潮，中国共产党给予了坚决回击，并在总结反磨擦斗争经验的基础上，为了坚持、巩固和扩大抗日民族统一战线，制定了“发展进步势力，争取中间势力，孤立顽固势力”的策略方针，以及“人不犯我，我不犯人，人若犯我，我必犯人”的自卫立场和“有理、有利、有节”的原则。

1941年1月，国民党顽固派制造了震惊中外的皖南事变。新四军军部及所属皖南部队9000余人，在遵照国民党军事当局的命令向北转移途中，遭到国民党军8万余人的伏击和围攻，除2000余人突围外，一部被打散，大部壮烈牺牲或被俘，军长叶挺在同国民党军进行谈判时被扣押，副军长项英在突围过程中遇害。事变发生后，蒋介石竟诬称新四军“叛变”，宣布取消其番号。

面对严重形式，中国共产党仍然以抗日大局为重，在军事上严守自卫，在政治上坚决反击。中央军委于1941年1月20日发布重建新四军军部的命令，陈毅任代军长，刘少奇任政治委员。同时党中央公布大量事实，揭露国民党破坏抗战的阴谋，并提出惩办祸首，释放叶挺、废止国民党一党专政等12条解决皖南事变的办法。《新华日报》冲破国民党的新闻检查，刊出周恩来两条题词手迹：“为江南死国难者致哀”和“千古奇冤，江南一叶；同室操戈，相煎何急？！”在重庆和整个国民党统治区引起了很大反响。中国共产党以民族大义为重的鲜明立场，得到了全国人民、中间势力、国民党内正义人士以及国际舆论的普遍同情和支持。1941年3月，蒋介石迫于压力公开“保证”决不再有“剿共”的军事行动。至此，国民党顽固派第二次反共高潮被击退。

1943年春，蒋介石署名出版反共反人民的《中国之命运》一书，暗示在两年内要消灭共产党和一切革命力量。当年5月共产国际宣布解散，国民党顽固派又以此为由，要求“解散共产党”“取消陕甘宁边区”，并密令驻守西北的胡宗南部准备向陕甘宁边区进攻。对此党中央在军事上进行了必要的部署，并采取一系列政治上强有力的反击措施，使得国民党第三次反共高潮尚未发展成大规模武装进攻就被制止了。