日军对抗日根据地“扫荡”的重点是华北地区。1939年春，日本华北方面军制定了“治安肃正计划”，实行军事、经济、文化、特务一体的“总力战”。在1939年和1940年的两年中，仅华北地区日军出动千人以上的大规模“扫荡”就有109次，使用兵力总计在50万人以上。

根据“巩固华北”的战略方针，八路军在华北依靠广大群众，坚持山地游击战争，发展平原游击战争。1939年11月上旬，晋察冀部队在时任晋察冀军区第一军分区司令员兼政委的杨成武的指挥下与第一二〇师紧密配合进行了黄土岭伏击战，击毙日本独立混成第二旅团旅团长、所谓“名将之花”阿部规秀中将。《新中华报》发表短评：“抗战以来，敌军中将指挥官，在战场上被我击毙者，此还算是第一次。真值得我们兴奋！”

为了贯彻“发展华中”的战略方针，1939年2月，周恩来受党中央委托，到皖南同新四军领导商定：新四军的战略任务是向南巩固，向东作战，向北发展。此后，新四军和华中敌后抗日游击战争有了较大发展。1940年5月，党中央派八路军一部1.2万人南下，同新四军一起发展华中抗日根据地。

在华南、广州失陷后，中共广东党组织积极领导开展游击战争，创建东江抗日游击根据地和东江纵队。长期战斗在海南岛的红军游击队开展抗日游击战，后来发展为琼崖纵队。

在东北，党领导的东北抗日联军长期坚持在白山黑水之间，给日、伪军以沉重的打击，成为全国抗战中的一支重要力量。在这一时期，日本侵略者对东北抗日联军展开持续残酷的军事“讨伐”。在极端困难的情况下，东北抗日联军不屈不挠地坚持斗争。1938年10月，冷云等东北抗联8名女战士陷入敌人包围后，投入冰冷的乌斯浑河，英勇殉国。

1940年2月，东北抗日联军第一路军司令兼政治委员杨靖宇在濛江县（今靖宇县）境内陷入日军“讨伐”队重围，冒着零下40度的严寒，同数倍于己的敌人浴血奋战，最后只身一人，坚持战斗，直至壮烈牺牲。残忍的敌人剖开他的腹部，发现在他的胃里竟然没有一粒粮食，有的只是枯草、树皮和棉絮。

从1938年冬到1940年的两年多时间，中国共产党领导的敌后抗战牵制和抗击了大量侵华日军，人民抗日力量在战斗中成长壮大起来。到1940年底，共产党领导的武装部队发展到50万人（东北抗日联军未计算在内），还有大量地方武装和民兵；在华北、华中、华南创建了16块抗日民主根据地，在全民族抗战中发挥着日益重大的作用。

在敌后战场上，随着人民武装和抗日根据地的迅速发展，也由于当时中国出现了空前的投降危险与抗战困难，1940年8月至翌年1月，八路军总部在华北发动了一次大规模的对日军的进攻。8月20日夜，参战部队、游击队、民兵同时发起攻击。随着战役的展开，陆续参展的部队达到105个团20余万人，这就是百团大战。

百团大战是全民族抗战以来八路军在华北发动的规模最大，持续时间最长的一次带战略性进攻的战役。至1940年12月初，敌后军民共作战1824次，毙伤日、伪军2.5万人，俘日军281人、伪军1.8万余人，破坏铁路470余公里，公路1500余公里，摧毁大量敌碉堡和据点，缴获大批枪炮和军用物资。

百团大战给日军的“囚笼政策”以沉重的打击，提高了共产党和八路军的威望，在抗日局面比较低沉时振奋了全国人民的信心。